白莲教徒接下满清大臣纳兰元述（甄子丹）所下的对付革命党人的命令后，在
广 州街头借“扶清灭洋”的口号大肆捣乱洋人的使馆、教堂等地盘，甚至连小 学生也不放 过，他们的举动令黄 飞鸿（
李连杰）、十三姨（关之 琳）与梁宽（莫少聪）异常气愤。在某个医学会议上，黄飞鸿与 革命党
领袖孙文
（张铁林）一见 如故 ，发现 
革命党人对救国更具远见

时，他决 定帮助革命党人逃过厄运。随后，他直捣白莲教
总坛决胜九宫
真人，揭开迷信假像，又因奋慨国运衰竭民智末开，不惜与纳兰元述决一死战。